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ED 497 Normande de Biologie Intégrative, Santé, Environnement NORMANDIE_UNIVERSITE


Itinéraire du doctorantManuscrit de thèse et soutenance

Manuscrit de thèse et soutenance

 Préparation et dépôt du manuscrit de thèse – Modalités de Soutenance

Contenu de la thèse
Selon l'article L612-7 du code de l'éducation, "Le diplôme de doctorat est délivré après la soutenance d'une thèse ou la présentation d'un ensemble de travaux scientifiques originaux. Cette thèse ou ces travaux peuvent être individuels ou, si la discipline le justifie, collectifs, déjà publiés ou inédits. Dans le cas où la thèse ou les travaux résultent d'une contribution collective, le candidat doit rédiger et soutenir un mémoire permettant d'apprécier sa part personnelle."
Ethique de la recherche et protection du droit d'auteur
Tous les membres des UR de l'ED mettent en œuvre les principes d'éthique en matière de recherche scientifique et de probité intellectuelle dans la rédaction des rapports d'études et thèses. Ils respectent notamment les deux éléments fondamentaux qui sont l'honnêteté dans la collecte et l'analyse des résultats de recherche d'une part, et le souci de faire état de manière exacte de l'origine des résultats et des concepts utilisés, d'autre part.
En tant que membre de l'ED, chaque doctorant applique ces principes de d'éthique et de probité. Il respecte notamment les obligations mentionnées dans la charte du doctorat et dans la charte de dépôt et de diffusion des thèses en matière de confidentialité des informations et de protection du droit d'auteur.
Le plagiat est interdit. Un logiciel de vérification des risques de plagiat pourra être appliqué à toutes les thèses avant que soit donnée l’autorisation de soutenance.
Il est rappelé que, conformément à l'article L122-4 du code de la propriété intellectuelle, toute représentation ou reproduction intégrale ou partielle de figure, graphique, image, photographie ou texte, faite sans le consentement de l'auteur ou de ses ayants droit est illicite. Toutefois, sous réserve que soient clairement indiqués le nom de l'auteur et la source, et en respectant les conditions exposées à l'article L122-5, la publication d'extraits est possible.
Format du manuscrit : classique ou sur articles
La présentation d'un manuscrit de thèse sur articles constitue une alternative à la présentation d’un manuscrit classique qui présente les résultats scientifiques sous forme intégralement rédigée. Avec cette formule, le candidat intègre plusieurs articles scientifiques qui ont été publiés, soumis ou en préparation pour publication dans des revues avec comité de lecture reconnues de la spécialité.
Le candidat doit avoir rédigé ses articles pendant ses études doctorales et sous la supervision de son directeur de thèse. Le candidat doit être l’auteur principal de ces articles. Le choix de l'un ou l'autre format pour la rédaction du manuscrit de thèse doit faire l'objet d'un accord préalable entre les acteurs d'un projet de formation doctorale.
Quel que soit le format retenu, le manuscrit de thèse doit présenter obligatoirement :
• une couverture selon un modèle commun accessible sur le site web de l’ED nBISE et de la ComUE Normandie Université,
• une table des matières, une liste des tableaux, des figures et illustrations et une liste des sigles et abréviations,
• une introduction générale présentant le contexte de l'étude et l'état de l'art des connaissances y afférent,
• une partie présentant sur les objectifs de la thèse,
• un chapitre exposant les résultats scientifiques obtenus au cours du travail de thèse, sous la forme classique ou sous la forme d'articles de revues,
• une discussion générale reprenant l'ensemble des résultats obtenus, en les replaçant dans le contexte des connaissances de la discipline, en identifiant les avancées et développements technologiques apportés par la thèse, en exposant les limites du travail, les nouveaux questionnements scientifiques qui en découlent et en identifiant les voies de recherche future,
• une conclusion,
• une liste de références bibliographique,
• deux résumés, l'un en français, l'autre en anglais.
Le manuscrit peut en outre inclure d'autres parties (des remerciements, un avant-propos, des annexes, par exemple) selon les besoins de l'auteur.
Langue de rédaction
Selon l’article L121-3 du code de l’éducation "la langue de l'enseignement, des examens et concours, ainsi que des thèses et mémoires dans les établissements publics et privés d'enseignement est le français. Des exceptions peuvent être justifiées […]".
Toutefois, selon l'article L123-7 du même code "Le service public de l'enseignement supérieur contribue, au sein de la communauté scientifique et culturelle internationale, au débat des idées, au progrès de la recherche et à la rencontre des cultures. Il promeut, aux plans européen et international, un meilleur partage des savoirs et leur diffusion auprès des sociétés civiles". Le choix de la langue anglaise est donc justifié a priori par les besoins d'une diffusion internationale de la thèse.
Le manuscrit de thèse peut donc être rédigé dans son intégralité soit en français ou soit en anglais. Dans ce second cas, l'EDNBISE demande à ce que le manuscrit soit accompagné d'un résumé étendu en français, couvrant l'ensemble des parties du manuscrit. Le choix de la langue anglaise pour la rédaction du manuscrit de thèse doit faire l'objet d'un accord préalable entre les acteurs d'un projet de formation doctorale.
Dans le cas précis des thèses préparées dans le cadre d'une cotutelle internationale, l'article 21 de l'arrêté du 15 mai 2016 stipule que la convention de cotutelle doit préciser la langue dans laquelle est rédigée la thèse ; lorsque cette langue n'est pas le français, la rédaction doit s'accompagner d'un résumé substantiel en langue française.
Dépôt légal du manuscrit
La thèse fait l’objet d’un dépôt légal. Le docteur est le seul auteur de la thèse.
Le dépôt s’effectue sous forme numérique et constitue la version de référence de la thèse.
Il est impératif de consulter la charte de dépôt et de diffusion des thèses, disponible sur le site de la COMUE Normandie Université à l'adresse http://www.normandie-univ.fr/
Le dépôt est effectué en deux étapes. Le premier dépôt est effectué avant de commencer la procédure de soutenance. Il établit légalement le droit d'auteur et doit être effectué, afin que le droit d’auteur soit bien protégé, avant que la thèse ne soit mise en circulation (c'est à dire avant d’envoyer la thèse aux rapporteurs). Dès le premier dépôt légal, un numéro national de thèse NNT est attribué à la thèse et permet, si le doctorant en fait la demande ou dans le cadre de certains accords de cotutelle internationale de thèse, d'obtenir (gratuitement) un numéro ISBN.
Le second dépôt est effectué après la soutenance et permet d'apporter soit des révisions mineures, laissées sous la responsabilité du docteur, soit des révisions majeures, demandées par le Jury, qui seront vérifiées par un membre du Jury désigné à cet effet.
Autorisation de soutenance
Les doctorants qui souhaitent soutenir leur thèse, ainsi que leur directeur de thèse, vérifient que l’ensemble des conditions suivantes sont réunies :
- une partie des travaux de thèse doit avoir fait l'objet d'au moins une publication dans une revue de niveau international ou d’un article (ou brevet) en cours de soumission ;
- les doctorants doivent démontrer, qu'ils ont suivi le volume requis de formations en adéquation avec leur projet professionnel.
La procédure administrative en vigueur dans l’établissement de préparation de thèse précise de manière détaillée les phases de déroulement, le calendrier et les éléments nécessaires au dossier composant la soutenance de thèse. La demande d’autorisation de soutenance doit être transmise à l’ED nBISE dans les délais imposés par l’établissement de préparation de thèse des doctorants.
Désignation des rapporteurs et composition du jury
Les travaux du doctorant sont examinés par (au moins) deux rapporteurs, extérieurs à la ComUE Normandie Université, titulaires de l’HDR ou appartenant à l'une des catégories suivantes :
- Professeurs des Universités et personnels assimilés ou enseignants de rang équivalent, des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche (français ou étrangers) ;
- personnalités, titulaires d'un doctorat, choisies en raison de leur compétence scientifique par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de l'ED nBISE et après avis de la Commission de la Recherche du Conseil académique.
Le jury de thèse est désigné par le chef d'établissement après avis du directeur de l'ED nBISE (ou l’un de ses directeurs adjoints) et du directeur de thèse. Il doit répondre aux conditions suivantes :
- il compte entre quatre et huit membres ;
- il montre une représentation équilibrée de femmes et d’hommes, i.e. un tiers au moins de représentation de l’un ou l’autre genre (sauf exception de disciplines fortement déséquilibrées) ;
- la moitié au moins de ses membres sont des personnalités (françaises ou étrangères) extérieures à l'ED nBISE et à la ComUE Normandie Université ;
- la moitié au moins sont des professeurs ou personnels assimilés, ou des enseignants de rang équivalent ;
Le directeur de thèse fait partie des membres du jury. Le directeur de thèse est donc pris en compte dans le calcul des ratios (membres internes/externes, rangs A/rangs B, femmes/hommes) considérés pour validation du jury. Il peut, le cas échéant et à la demande du reste du jury, éclairer les débats menant à la décision, mais ne prend pas part à la décision.

 Modalités concernant la soutenance et les délibérations du jury
Sauf dérogation accordée à titre exceptionnel par le chef d'établissement (si la thèse présente un caractère de confidentialité avéré), la soutenance est publique. La langue de soutenance de thèse est le français. Toutefois, si le doctorant ne parle pas français ou si le jury comprend des membres non francophones, la soutenance peut être effectuée en anglais. Dans le cas d'une soutenance dans un pays non francophone et non anglophone (cas de cotutelle), une pré-soutenance en français ou en anglais peut être organisée.
Les membres du jury désignent parmi eux un président qui est professeur ou assimilé ou un enseignant de rang équivalent. Hormis son président, les membres du jury peuvent à titre exceptionnel participer à la soutenance en ayant recours à la visioconférence (ou dispositif équivalent) qui permet leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale et continue. La liaison informatique, support de la visioconférence, doit être de bonne qualité pour toute la durée de l’épreuve afin de garantir un haut niveau d'interactivité entre le candidat et tous les membres du jury, d'une part, et entre les différents membres du jury, d'autre part.
Le président du jury signe le rapport de soutenance, contresigné par l'ensemble des membres de jury présents à la soutenance, y compris le directeur et les co-directeurs de thèses. Lorsque le rapport de soutenance fait état de la délibération, il doit figurer que cette décision a été prise par les membres du jury hors directeur et co-directeur(s) de thèse. Ces derniers ne signent pas le procès-verbal de délibération. Le rapport de soutenance est communiqué au doctorant dans le mois suivant la soutenance.
Les dispositions relatives aux directeurs et codirecteurs de thèses s'appliquent également, le cas échéant, au(x) co-encadrant(s) de thèse.
Les formalités à respecter pour le dépôt des demandes de soutenance, l’envoi du manuscrit aux membres du jury et le dépôt du formulaire d’enregistrement de la thèse sont précisées par l’établissement d’inscription du doctorant.
Huis-clos
Si la thèse présente un caractère confidentiel avéré (données sensibles par exemple), alors une dérogation au caractère public de la soutenance (huis-clos) doit être demandée au chef d'établissement.
Dans ce cas, des engagements de confidentialité devront être signés par tous ceux qui pourront avoir connaissance du contenu de la thèse (rapporteurs, membres du Jury, public).
Dans ce cas, la diffusion de la thèse sur internet devra également faire l'objet d'un embargo pendant la durée de la période de confidentialité.
Label Doctorat européen
Il peut être délivré un « label européen » (ou « Doctorat Européen ») pour les doctorants. Ce dispositif s’appuie sur l’arrêté du 25 mai 2016 et les principes dégagés par la Conférence des Présidents d’Université concernant le « Doctorat Européen ». Il consiste en un diplôme de doctorat classique auquel s’ajoute une attestation de « label européen » délivrée par le Président de l’Université. Quatre conditions doivent être respectées pour pouvoir faire une demande de label européen au moment de l’organisation de la soutenance de thèse :
- le doctorat devra avoir été préparé pendant au moins un trimestre dans un pays européen autre que le pays de soutenance ;
- l’autorisation de soutenance est accordée au vu de rapports rédigés par au moins deux Professeurs appartenant à des établissements d’Enseignement Supérieur de deux Etats européens différents autres que celui où sera soutenue la thèse ;
- au moins un membre du jury doit appartenir à un Etablissement d’Enseignement Supérieur d’un état européen autre que celui dans lequel le doctorat est soutenu ;
- une partie de la soutenance doit être effectuée dans une langue nationale européenne autre que la (ou les) langue(s) nationale(s) du pays où est soutenu le doctorat.
Ce dispositif est distinct de celui de la cotutelle, auquel il peut se superposer. Ce label n’apparaît pas sur le diplôme de docteur, mais il constitue un élément fort pour valoriser la formation doctorale à l’international. Tout doctorant qui désire obtenir le « label européen » doit le signaler à l’ED nBISE avant la soutenance.

Diffusion de la thèse
• Diffusion à l'ensemble de la communauté universitaire
La diffusion de la thèse dans l’établissement de soutenance et au sein de l’ensemble de la communauté universitaire est obligatoire (article 25 de l’Arrêté du 25 mai 2016). Normandie Université remplit cette obligation en s'appuyant sur le service de documentation de l'établissement de préparation.
Des modalités spécifiques s'appliquent en cas de thèse confidentielle.
• Diffusion sur Internet
La COMUE Normandie Université encourage la mise en ligne des thèse, sur le portail thèses.fr. La thèse peut également être accessible depuis des plateformes de diffusion choisies par Normandie Université dans le cadre de sa politique de valorisation scientifique (exemple : http://tel.archives-ouvertes.fr).
Celle-ci subordonnée à l’autorisation de l’auteur (article 25 de l’Arrêté du 25 mai 2016). Lors du dépôt de la thèse, COMUE Normandie Université propose à l’auteur de signer une convention de mise en ligne selon l'une des trois options suivantes :
o accord de mise en ligne immédiatement après la soutenance ;
o accord de mise en ligne après embargo ;
o refus de mise en ligne.
L’embargo est un délai défini librement par l’auteur pendant lequel la thèse n’est pas mise en ligne mais demeure accessible à l’ensemble de la communauté universitaire. A l’expiration de ce délai, le document est automatiquement mis en ligne.
Dans le cas d'une thèse rédigée sur articles, l'article 30 de la loi 2016-1321 du 7 octobre 2016 pour une République numérique s'applique "lorsqu'un écrit scientifique issu d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales ou des établissements publics, par des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne est publié dans un périodique paraissant au moins une fois par an, son auteur dispose, même après avoir accordé des droits exclusifs à un éditeur, du droit de mettre à disposition gratuitement dans un format ouvert, par voie numérique, sous réserve de l'accord des éventuels coauteurs, la version finale de son manuscrit acceptée pour publication, dès lors que l'éditeur met lui-même celle-ci gratuitement à disposition par voie numérique ou, à défaut, à l'expiration d'un délai courant à compter de la date de la première publication. Ce délai est au maximum de six mois pour une publication dans le domaine des sciences, de la technique et de la médecine […]".
En tout état de cause, il est possible de vérifier la possibilité de diffuser les articles et la durée des embargos sur le site Sherpa/Romeo.